当社は、大正時代に浅野総一郎が主導した大規模埋立て工事によって造成された川崎の臨海部、扇町の地で三井物産(株)の川崎港務所として1928（昭和3）年に創業しました。当時、石炭を本船から艀に積み替えて築地に回漕していましたが、羽田沖でよく荒天に見舞われて遭難し、月の三分の一は運航が出来ない状況にありました。そこで、貨物船が直接接岸可能な岸壁を造りドイツ製の橋形クレーンと鉄道引込線を敷設することで、石炭の受入基地として操業を開始しました。
1945（昭和20）年、戦時統制令（一地区一業者統合）のもと、三井物産(株)と日満倉庫(株)から施設の現物出資と地区荷役業者としての営業権を譲り受け、川崎埠頭(株)が設立されました。
1949（昭和24）年、企業再建整備法の決定整備計画に基づき、旧日満倉庫の施設及び営業権を東洋埠頭(株)に譲渡、1952（昭和27） 年に現在の社名である三井埠頭(株)に商号を改めました。
1962（昭和37）年に川崎市営埠頭に出張所を開設し、現在は千鳥町営業所として主に製材を取り扱っています。

また同年に扇町本社で小野田セメント(株)（現在の太平洋セメント(株)）のセメントサービスステーション業務を開始し、現在では太平洋セメント(株)関東アッシュセンターとして、国内の火力発電所から排出される石炭灰を内航船で受入れ、セメント原料として再利用するための基地となっています。
1983（昭和58）年に(株)東扇島物流センターに資本参加し、東扇島でのスバル輸出業務を開始しました。
1987（昭和62）年には本社構内の内堀を埋め立てて南桟橋を新設し、アンローダーを設置、野積み場を拡張し、その後も大型化する船舶の港湾荷役需要に合わせて施設を改修してきました。現在では、オーバーパナマックス級のバルクキャリア船までも喫水を調整することで受入れが可能となっています。 当社の特徴は、全国的にも数少ないオーバーパナマックス級の船舶が着桟可能な私設岸壁と、首都圏に近い臨海部の約21万m²（東京ドーム4.5個分）の敷地、バラ貨物の取扱いに適した置場と倉庫、日本貨物鉄道(株)の線路に繋がる鉄道引込線があることで、これらを活用した港湾運送事業、倉庫業、そして静脈物流とも言える環境事業を展開しています。